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(01 Oct 2013,
RodrigoZucoloto
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---++ 1. Cluster do GENEV / IBIO - UFBA. 2. DocuMentacoes. 3. HistoricoLabiocomp <div align="left" style="font-family: 'Times New Roman'; font-size: medium; line-height: 19px">O GENEV está equipado com um cluster para computação científica rodando em linux Debian Squeeze. Contamos hoje com duas CPUs em funcionamento para acesso aos usuários, sendo elas um servidor de rede para o cluster (clustermaster) e um servidor para a distribuição de trabalhos no cluster (darthvader). O cluster própriamente dito é constituido por 9 CPUs interligadas via switch 10/100 mbps de 48 portas.</div> <div align="left" style="font-family: 'Times New Roman'; font-size: medium; line-height: 19px">Agredecemos em especial a todas as pessoas que nos ajudaram a configurá-lo. Na foto, da direita para a esquerda de cima para baixo, nossos amigos e colaboradores Wagner Freitas, Victor Villas-Boas, Aullus Galassi, Guilherme Rocha e eu Rodrigo Zucoloto. E também aos que não estão na foto, mas colaboraram igualmente com cofigurações ou dicas: Italo Valci, Antônio Terceiro e Rafael Gomes.</div> ---++ Estágio de desenvolvimento do cluster %EDITTABLE{ header="| *ClusterMaster* | *Estado* | *DarthVader* | *Estado* | *Observações* |" format="| text, 60 | select, 3, ,sim, não | text, 60 | select, 3, ,sim, não | text, 60 | textarea, 5x25 |" }% | *ClusterMaster* | *Estado* | *DarthVader* | *Estado* | *Observações* | *text* | | Servidor DHCP - Guilherme | não | OpenLdap - Rafael | sim | | | | Webmin - Guilherme | sim | NFS - Guilherme | sim | | | | SSH sem senha - Vitor (Pelo root e por fora do Ldap) | sim | SSH sem senha - Vitor (Depende de OpenLdap e NFS) | sim | | | | NFS - Guilherme | não | Webmin - Vitor | sim | | | | Zabbix (Monitoramento) - Rafael | sim | Torque - Guilherme | sim | | | | VPN (Controle de acesso) - Rafael | sim | Servidor DHCP - Guilherme e Rafael | sim | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | <nop> <!-- Isto é um comentário. [[TriagemSoftwaresCluster][Triagem de Softwares a serem rodados no nosso Cluster]] --> ---++ Triagem de Softwares __Tarefa__: Completar a tabela abaixo com as informações solicitadas. Clique no botão edit abaixo da tabela. %EDITTABLE{ header="| *Software* | *Plataforma* | *Licença* | *Paralelizado* | *Comentários* |" format="| text, 60 | checkbox, 3, windows, unix/linux , mac | checkbox, 4, proprietária, GPL, BSD, Outra | select, 3, ,sim, não | textarea, 5x25 |" }% | *Software* | *Plataforma* | *Licença* | *Paralelizado* | *Comentários* | | [[http://lgb.unige.ch/arlequin/][Arlequin]] | windows, unix/linux , mac | proprietária | não | Software de genética das populações. Proprietário, mas grátis. Aparentemente é feito em C++ e Java. | | [[http://www.mbio.ncsu.edu/BioEdit/bioedit.html][Bioedit]] | windows | proprietária | não | Editor de alinhamento de seqüencias usa clustalW e blast. Para 95/98/NT/2000/XP. Aparentemente é _freeware_ sem disponibilização de código fonte. | | [[http://paup.csit.fsu.edu/][BIOSYS 1]] | | | | | | [[http://bips.u-strasbg.fr/fr/Documentation/ClustalX/][Clustalx]] | windows, unix/linux , mac | | não | O Clustalw é um programa largamente usado para alinhar sequências e possui uma interface gráfica chamada Clustax.[[ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/clustalw2/]][Disponível em]] <br />[[ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/clustalw2/LICENSE][Cópia da licença]] | | [[http://dambe.bio.uottawa.ca/software.asp][DAMBE]] | | | | | | [[http://www.ub.es/dnasp/][DNAsp]] | | | | | | [[http://www.dnastar.com/][DNAstar]] | | | | | | [[http://hydrodictyon.eeb.uconn.edu/people/plewis/software.php][GDA]] | | | | | | [[http://web.mit.edu/bamel/gemoda/][Gemoda]] | | GPL | não | unix/linux based system for finding motifs in a genetic sequence. (ie. identify motifs in promoters. | | [[http://ftp.cefe.cnrs.fr/PC/MSDOS/GENEPOP/][GENEPOP]] | | | | | | [[http://darwin.uvigo.es/geodis.html][GEODIS]] | | | | | | [[http://www.hyphy.org][HY PHY]] | | | | | | [[http://macclade.org/macclade.html][Macclade]] | | | | | | [[http://www.megasoftware.net][Mega]] | | | | | | [[http://darwin.uvigo.es/software/modeltest.html][Modeltest]] | | | | | | [[http://paup.csit.fsu.edu/][Paup]] | windows, unix/linux , mac | proprietária | não | Ferramentas para interpretação de árvores filogenéticas. A versão pra linux está sendo vendida por [[http://www.sinauer.com/detail.php?id=8060][USD150]] | | [[http://evolution.gs.washington.edu/phylip.html][Phylip]] | | | | | | [[http://iubio.bio.indiana.edu/soft/molbio/seqpup/][Seqpup]] | | | | | | [[http://sray.med.som.jhmi.edu/SCRoftware/simplot/][Simplot]] | | | | | | [[http://3d-alignment.eu/][Strap]] | unix/linux , mac | GPL | não | Feito em Java, BioJava, scriptável. Acredito ser uma ferramenta ideal a ser facilmente paralelizada. <br />The free computer program STRAP supports the analysis of hundreds of proteins and integrates amino acid sequence, secondary structure, 3D-structure and genomic- and mRNA-sequence and residue annotation. | | [[http://www.tree-puzzle.de/][Tree puzzle]] | | | | | <nop> *Algumas distribuições para cluster e bioinformática:* - PelicanHPC: http://idea.uab.es/mcreel/ParallelKnoppix/ - birgHPC: http://birg1.fbb.utm.my/birghpc/ - Biobrew: http://linux.softpedia.com/progDownload/BioBrew-Linux-Download-2059.html *Links interessantes:* - https://springerlink3.metapress.com/content/wwuewa4120yak2b1/resource-secured/?target=fulltext.pdf&sid=5kgbrpeox01e0dl3nbwnwxsc&sh=www.springerlink.co - http://dl.acm.org/citation.cfm?id=1244038&dl=ACM&coll=DL&CFID=45851892&CFTOKEN=99246229 - http://mafft.cbrc.jp/alignment/software/ - http://dgp.cnpq.br/buscaoperacional/detalhegrupo.jsp?grupo=8699103FMW8HOY - http://hpc.cs.tsinghua.edu.cn/research/cluster/pbb/index.html ---+!!
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